Die Prof. J. Werder-Stiftung wurde am 21. Oktober 1944 als gemeinsame Institution verschiedener Organisationen der schweizerischen Lebensmittelindustrie und des Lebensmittelhandels sowie des Verbandes der Stadt- und Kantonschemiker der Schweiz, dem heutigen Verband der Kantonschemiker der Schweiz (VKCS), zu Ehren des im Jahr 1943 verstorbenen, langjährigen Leiters der damaligen Sektion Lebensmittelkontrolle des Eidgenössischen Gesundheitsamt, Prof. Dr. Johann Werder, gegründet. Das Motto der Stiftung lautet: "Fortiter in re - suaviter in modo", was die jederzeit fachlich korrekte Umsetzung resp. Durchsetzung der Kriterien zur Wahrung der Lebensmittelsicherheit bei gleichzeitigem, konstruktivem und freundschaftlichem Austausch zur Erreichung des gemeinsamen Ziels zum Ausdruck bringen soll. Die Stiftung bezweckt die Ehrung von Persönlichkeiten schweizerischer Nationalität, ausnahmsweise auch ausländischer Forscher, die auf dem Gebiet der Lebensmittelqualität und -sicherheit, insbesondere der Lebensmittelchemie, oder in anderer Weise grosse Verdienste um die Kontrolle, Gesetzgebung oder Technologie der Lebensmittel erbracht haben.