Die Idee, besondere Leistungen im Bereich der Lebensmittelsicherheit auszuzeichnen, geht zurück auf eine Aktion des Verbands der Kantons- und Stadtchemiker der Schweiz. Dieser hatte 1940 zum 70. Geburtstag von Prof. Werder durch einen Künstler eine Bronzeplakette des Jubilars anfertigen lassen und gleichzeitig beschlossen, dass zukünftig für besondere Leistungen und Verdienste auf dem Gebiet der Lebensmittelchemie die sogenannte Werder-Medaille verliehen werden solle, ähnlich wie in Deutschland die Josef König-Gedenkmünze. 1941 sammelte die Wirtschaft anlässlich der Feier zum Rücktritt und 71. Geburtstag von Prof. Werder insgesamt CHF 30'000.- und widmete diese insbesondere der Vergabe der Werder-Medaille, damit diese unabhängig von irgendwelchen Bindungen in würdiger Form verliehen werden könne. Ab 1944 übernahm die Prof. J. Werder Stiftung als gemeinsam geschaffener Träger diese Aufgabe.